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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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R言語 データフレームで、基準列と、複数の対象列の日付をまとめて比較したい

mammalian

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R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2022/05/15 03:37

前提

Rでデータシートを読み込み、日付の比較をまとめてしたいと思うのですが、処理でつまづいております。

実現したいこと

下記のようなデータフレームがあります。

  • subject_id :被験者のID。同じsubject_idが複数回出現する場合があります。
  • Reference : 基準となる日付
  • Event_1, 2, 3 : イベント日。最低1回(Event_1のみ)〜最大3回(Event_3まで)で、回数にばらつきがあります。

行いたいのは、各行ごとに処理を行い、Event_1 ~ Event_3のうち、
Reference に最も近い日付(Referenceの前か後かは問わない)を求め、新たな列に納めたい、ということです。

該当のソースコード

R言語

1library(tidyverse) 2 3data <- tibble( 4 subject_id = c(1,1,2,3,3,5), 5 Reference = c( 6 lubridate::ymd("2011-1-5"), 7 lubridate::ymd("2013-1-6"), 8 lubridate::ymd("2014-1-7"), 9 lubridate::ymd("2012-1-8"), 10 lubridate::ymd("2013-1-10"), 11 lubridate::ymd("2015-2-4") 12 ), 13 Event_1 = c( 14 lubridate::ymd("2012-1-1"), 15 lubridate::ymd("2012-1-1"), 16 lubridate::ymd("2012-1-7"), 17 lubridate::ymd("2012-1-8"), 18 lubridate::ymd("2012-12-25"), 19 lubridate::ymd("2012-12-25") 20 ), 21 Event_2 = c( 22 lubridate::ymd("2013-1-4"), 23 lubridate::ymd("2013-1-4"), 24 NA_Date_, 25 lubridate::ymd("2011-1-8"), 26 lubridate::ymd("2015-2-1"), 27 lubridate::ymd("2015-2-1") 28 ), 29 Event_3 = c( 30 NA_Date_, 31 NA_Date_, 32 NA_Date_, 33 lubridate::ymd("2011-1-8"), 34 lubridate::ymd("2016-11-10"), 35 lubridate::ymd("2016-11-10") 36 ), 37 ) 38)

試したこと

R言語

1data %>% mutate( 2 diff_1 = abs(Event_1 - Reference), 3 diff_2 = abs(Event_2 - Reference), 4 diff_3 = abs(Event_3 - Reference) ) %>% 5 rowwise() %>% 6 mutate( 7 diff_min = min (diff_1, diff_2, diff_3) 8 ) 9

問題点

試行錯誤したものの、うまくいかず、
上記に至りましたが、これでも、
・Event_1〜3のいずれかにNAが含まれる行は、NAと判定されてしまう
・欲しいのは「最も近い日付」であるのに、「最も小さい日差(絶対値)」しか求まっていない
・Event_1〜 3 ですが、実際のデータでは、Event_1〜 20までと多数あり、全部手打ちするのは現実的ではない
といった問題点があります。

ご教示いただけましたら幸いです。どうぞよろしくお願いいたします。

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1data <- data %>% 2 rowwise() %>% 3 mutate(diff_min = 4 nth(c_across(starts_with("Event")), 5 which.min(across(starts_with("Event"), ~abs(.-Reference))))) 6 7print(data) 8 9# 10 subject_id Reference Event_1 Event_2 Event_3 diff_min 11 <dbl> <date> <date> <date> <date> <date> 121 1 2011-01-05 2012-01-01 2013-01-04 NA 2012-01-01 132 1 2013-01-06 2012-01-01 2013-01-04 NA 2013-01-04 143 2 2014-01-07 2012-01-07 NA NA 2012-01-07 154 3 2012-01-08 2012-01-08 2011-01-08 2011-01-08 2012-01-08 165 3 2013-01-10 2012-12-25 2015-02-01 2016-11-10 2012-12-25 176 5 2015-02-04 2012-12-25 2015-02-01 2016-11-10 2015-02-01

投稿2022/05/15 07:19

編集2022/05/15 09:59
melian

総合スコア19803

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mammalian

2022/05/15 22:15

早速にご教示いただきありがとうございます。 応用もできそうで、とても勉強になります、ありがとうございます。
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