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  しかしJupyterをスタートメニューのショートカットから起動している場合は、初期ディレクトリの設定が無視される場合があります。

  そのときは[Jupyter Notebookの初期ディレクトリを変更できなかったときの対処法](https://qiita.com/skytomo221/items/8f07734a63a3e7c15860)を参考にしてショートカットの`リンク先`の末尾の`%PROFILEPATH%/`なりを削除すればよいです。