回答編集履歴
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追記
test
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また本当にメモリ不足なのでしょうか。bash なら ulimit コマンドなどで制限かかっていないか確認してはどうでしょうか。
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こういうテキスト処理がよくあるのなら、コマンドを使ってあれこれ悩むより、Python 等でかんたんなスクリプトを組めるようにした方がよいのではと思います。
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下記は file1 の分 (index_dict) しかメモリに持たないので、省メモリかと思います。
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#!/usr/bin/env python3
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index_dict = {}
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with open('file1', 'r') as f:
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for line in f:
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line = line.rstrip()
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index_dict[line]=''
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with open('file2', 'r') as f2:
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for line in f2:
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line = line.rstrip()
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arr = line.split(' ')
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if arr[0] in index_dict:
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print(line)
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