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  それはそうでしょう。 デフォルトの設定は決める必要があり、専用のサーバを建てていることをデフォルトにするのは妥当だと思います。

  ですが、単にそういうことであり、そうすべきとしているわけではないでしょう。

 

  > 社内サーバーでホスト名にアプリケーション種別を含めることができるか

  それは社内でどのようにホスト名の解決を行なっているか、それらをどのようなポリシーで管理しているかによりますね。

  > （含めるべきか）

  「べき」とは言えないでしょう。

  どのような考えかたで運用するかということで、ホスト名を変えるにしても「同一のホストに複数の名前を付けるのは気持ち悪い」という人もいるでしょう。