回答編集履歴
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さくらのVPSは、デフォルトでは、[パケットフィルター](https://manual.sakura.ad.jp/vps/network/packetfilter.html) が有効になっていますが、接続したいポートの許可設定はされていますか？
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また、外部からアクセスするのであれば、localhost 以外からの接続になりますので、ユーザーの ホストカラムが localhost では接続できませんので、クライアント側の IP アドレスを指定したユーザーが必要になります。
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セキュリティを考えると MySQL サーバー側で接続ポートの許可するのではなく SSH トンネルを利用して 他サーバーから MySQL に接続できるように設定するのが良いと思います。
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追記
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さくらのVPSは、デフォルトでは、[パケットフィルター](https://manual.sakura.ad.jp/vps/network/packetfilter.html) が有効になっていますが、接続したいポートの許可設定はされていますか？
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セキュリティを考えると MySQL のポートに 接続を許可するのではなく SSH トンネルを利用して 他サーバーから MySQL に接続できるように設定するのが良いと思います。
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