回答編集履歴
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Distance が i - j 間の時間数を保持しますので、 Distance を構造体化し、時間数と共に e を持たせるのが妥当と思います。
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そのうえで、 Distance の時間数を足す処理で"直前に乗っていた路線"と比較して乗り換え時間を算出し、時間数に足すことになるのではないでしょうか。
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(ですので、時間数の合計を保持する側も"最後に乗っていた路線"を保持する必要があります。)
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ついでに。
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>#define N 7 //配列の大きさをどう決めればいいのかわからないので7つにしました。
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1<=X≠Y<=1000 (ご質問内では 'Y' が消えてますけど) ですので N は 1000 でしょう。
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追記
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ご提示の問題に EOF とは一言も出ていませんので、複数回使用も何も、 EOF は関係無いものと思います。
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素直に ”E" が現れるまで読み込むように作るべきと考えます。
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乗り換え時間に付きましては、その判断材料になるはずの変数 e を捨ててしまっているので、これをどう保存するかを決める必要があります。
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Distance が i - j 間の時間数を保持しますので、 Distance を構造体化し、時間数と共に e を持たせるのが妥当と思います。
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そのうえで、 Distance の時間数を足す処理で"直前に乗っていた路線"と比較して乗り換え時間を算出し、時間数に足すことになるのではないでしょうか。
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(ですので、時間数の合計を保持する側も"最後に乗っていた路線"を保持する必要があります。)
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修正
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ご提示の問題に EOF とは一言も出ていませんので、複数回も何も、関係無いものと思います。
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ご提示の問題に EOF とは一言も出ていませんので、複数回使用も何も、 EOF は関係無いものと思います。
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素直に ”E" が現れるまで読み込むように作るべきと考えます。
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