回答編集履歴

 

  OpenCV の方は圧縮ストラテジとしてデフォルトで RLE を指定しているようです。C++コードの方は `png_set_compression_strategy()` が呼ばれていないのでデフォルトの `Z_DEFAULT` が使われているのでしょう。これを合わせてみてはどうでしょうか。