回答編集履歴
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追記
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ソースブランチがターゲットブランチと同じ地点にいる時、この現象に出くわしました。
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それが原因であれば、ソースブランチを進めれば、問題なくプルリクエストからのマージができます。
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とりあえずプルリクエストからマージさせてCode pipelineを動かしたいということであれば、
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ソースブランチに空コミットすればよいと思います。
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投稿内容修正
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ソースブランチがターゲットブランチと同じ地点にいる時、この現象に出くわしました。
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そ
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それが原因であれば、ソースブランチを進めれば、問題なくプルリクエストからのマージができます。
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微修正
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内容自体に差分がなくとも、commit履歴上の差分が大きく広がりすぎている時にその現象に出くわしました。（なので、表示メッセージの「ソースブランチとターゲットブランチのマージベースの違いが大きすぎます。」がそれに該当しますね）
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内容自体に差分がなくとも、ベースからのcommit履歴上の差分が大きく広がりすぎている時にその現象に出くわしました。（なので、表示メッセージの「ソースブランチとターゲットブランチのマージベースの違いが大きすぎます。」がそれに該当しますね）
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そのため、一旦AブランチにBブランチをマージすれば、BブランチからAブランチへのプルリクエストが正常に作成できるようになるはずです。
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微修正
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内容自体に差分がなくとも、commit履歴上の差分が大きく広がりすぎている時にその現象に出くわしました。（なので、表示メッセージの「ソースブランチとターゲットブランチのマージベースの違いが大きすぎます。」がそれに該当しますね）
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そのため、一旦AブランチにBブランチをマージすれば、BブランチからAブランチへのプルリクエストが正常に作成できるようになるはずです。
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