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  まずは CTRL-@ でコマンドプロンプトを起動して、そこで where git や where ssh してどこの git/ssh が使われているか確認して下さい。そして SourceTree が使っている物と同じか確認して下さい。

 

  次に ssh -v localhost 等と実行してどの .ssh/config が読まれているか確認して下さい。msys/cygwin 系であれば /home/ で始まっている場合があります。その場合は msys や cygwin のルートディレクトリから /home/xxx/.ssh/config (xxx はユーザ名) のファイルに Host および IdentifyFile を指定して下さい。