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  ただそこまでしなくても、というのであれば、両アプリから参照できる共有ファイルを作って、互いに読み書きするという手法もできるかと思います。

  仕様はわかりませんが、PHP側はウェブアプリとのことなのでリクエストされた時にしか動かないでしょうから、おそらく書き込みのみになると想像します。

  そうなればPHPは処理した結果をファイルに出力、EXE側は定周期でファイルが更新されるのを監視して更新されたら読み取り、みたいな簡素な作りでいけるでしょう。