回答編集履歴
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個人的意見ですが、とりあえずプログラムを勉強/試したいなら前者、全体（OSの設定、サーバーの設定も含む）を習得したいならVagrantをお勧めします
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Cloud9は統合開発環境の側面がありますが、Vagrantは違います、別途自分でEclipseなどをはじめとする開発環境は必要（エディターやプロンプトだけでもできなくはないですが、、、）、あくまでOS環境を提供するものと考えてください。
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修正
test
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個人的意見ですが、とりあえずプログラムを勉強/試したいなら前者、全体を習得したいならVagrantをお勧めします
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個人的意見ですが、とりあえずプログラムを勉強/試したいなら前者、全体（OSの設定、サーバーの設定も含む）を習得したいならVagrantをお勧めします
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