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  Webサーバーの実行権限・サーバーの脆弱性対策状態にもよりますが、Webアクセス以外の通信も気を付けた方が良いでしょう。

 

  サーバーに対してどれくらいコントロールする権限を持っているかわかりませんが、アクセスログなども（改ざんされている可能性がないではないですが、）収集しておき、ssh接続できるなら、lastやlastbで不明なIPからアクセスが無いかも確認してください。