回答編集履歴
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追記
test
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fgets()で読み込んだ文字列をstrtok()で分解すると簡単ですよ。
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ちょうど良いサンプルがありました。[fgetsを使ってファイルを読み込む](http://mementoo.info/archives/788)の「CSVファイルの読み取り」が参考になると思います。
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後、array[i]をprintf()する際に、i == Aの時はarray[B]、i == Bの時はarray[A]、それ以外の時はarray[i]を出力すればよいです。
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また、arrayの最後を出力する時は`printf("%s\n", array[i]);`を使えば良いですね。
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