回答編集履歴
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さらに追記しました。（追記2）
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@@ -1,3 +1,25 @@
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（追記2）
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この現象はバグのような挙動に見えます。
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なのでこの回答はいまのところ、問題の解決にはなっていません。
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以下の回答は操作の代替手段を記載したものですが、
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原因が同じのようなので、今回のケースでは使えなさそうです。
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比較エディターとGit ステージング について追記しました。
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@@ -1,3 +1,57 @@
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（追記）
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任意のリソース（プロジェクトでもフォルダー単位でも1ファイルでも可）を選択し、
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右クリックで開いたメニューの"比較"→"HEAD 改訂"を実行すると、
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複数ファイルの場合は"同期化"ビューが開き、差分がツリー表示されますので、
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対象のファイルをダブルクリックすると、比較エディターが開きます。
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1ファイルの場合は直接、比較エディターが開きます。
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または、**Git ステージング**というビューを使えば、
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`diff`, `add`, `commit`などの操作を1つのビューでまとめて行うことができます。
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操作にちょっとクセがあるのですが、対象のファイルを開いてからこのビューをフォーカスすると、
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そのプロジェクトのステージング状態が表示されます。
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具体的には、`add`していない修正したファイル（ステージされていない変更）と、
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`add`した修正ファイル（ステージされた変更）というペインに
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それぞれファイルが表示されますので、比較したいファイルをダブルクリックすると、
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HEAD改訂とdiffできます。
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（最初の回答）
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2つのコミットを比較できれば良い、ということでしたら、
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以下の方法をお試しください。
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