回答編集履歴
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試すことを追記
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3. `gem install nokogiri`として、nokogiriだけを入れようとした場合も同じですか？エラーになる場合は、そのときの全てのメッセージを**省略せずに**貼り付けてください。
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4. `/usr/local/lib/ruby/gems/2.3.0/extensions/x86_64-darwin-14/2.3.0/nokogiri-1.6.7.2/gem_make.out`の中身はどうなってますか？中身を**省略せずに**貼り付けてください。
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5. Xcodeは最新ですか？古い場合は、AppStoreで最新にしても現象はかわりませんか？
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6. XcodeのCommand Line Toolsは正しく入ってますか？`xcode-select -p`と`gcc -v`の実行結果を教えてください。
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6. XcodeのCommand Line Toolsは正しく入ってますか？`xcode-select -p`と`gcc -v`の実行結果を教えてください。
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頂いたメッセージから推測するに、/usr/local以下のアクセス権がおかしくなっている可能性があります。brewでRubyをいれたあとgem installを**sudo付きで**実行し待った記憶はありませんでしょうか？またはbrewを**sudo付きで**で実行したりしてませんでしょうか？もししてしまったら、rootしか書き込めないようなファイルができてしまい、書き込みができなくなっていると思われます。
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システムのRubyにパッケージを入れる場合を除き、基本的に**sudoをつけてはいけません**。次のことを試して、正常にした後に、もう一度`gem insntall nokogiri`を試してください。
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1. `brew update`してから`brew doctor`をしてHomebrewでおかしくなっている部分が無いかを確認します。警告等が表示された場合は、メッセージに従います。
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2. `sudo chown -R 自分のユーザ名 /usr/local`で/usr/localの所有権を自分のユーザアカウントにします。(何をする物がよくわかってから実行してください)
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