回答編集履歴
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多分ですが、誤りではなくオーバーフィッティングが起きています。
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多分ですが、誤りではなく[オーバーフィッティング](https://e-words.jp/w/%E9%81%8E%E5%AD%A6%E7%BF%92.html)が起きています。
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近似させる目的にもよりますが、点群データの簡素化であれば[meshlab](https://www.google.com/search?q=meshlab+simplify+python&tbm=isch)でできます。滑らかにしたり補完したりいろいろな処理を、PythonでもGUIでも操作することもできるので、こういうのも検討してはいかがでしょうか？
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