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インプットfolder、つまりディレクトリを開くのではなく、その中のファイルを開きたいのであれば、[glob](https://docs.python.org/ja/3/library/glob.html?highlight=glob#module-glob)を使いましょう。
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出力は、アウトプットfolder/ファイル名を指定して書き出しましょう。
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出力は、アウトプットfolder/ファイル名を指定して書き出しましょう。つなぐ場合はos.path.joinを使うと便利です。
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以下を参考にしてください。
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[Pythonで条件を満たすパスの一覧を再帰的に取得するglobの使い方](https://note.nkmk.me/python-glob-usage/)
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[Pythonでファイルの読み込み、書き込み(作成・追記)](https://note.nkmk.me/python-file-io-open-with/)
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[公式ドキュメント os.path.join(path, *paths)](https://docs.python.org/ja/3/library/os.path.html#os.path.join)
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