回答編集履歴
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回答の前提を追記
test
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@@ -1,3 +1,5 @@
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環境変数`LD_LIBRARY_PATH`の設定で解決する前提で回答します。
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> そのウェブサーバーから起動される元のsqlite3を使うプログラムはなく、。Pythonプログラムでは全てで新sqlite3を使います。
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> WEBサーバーはOS起動時にサービスとして起動する形になります。
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