回答編集履歴
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すこし詳しく
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> （VBで言えば参照渡しが自動的に設定される状態）
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VBで登場する"参照渡し"と、C言語で登場する"ポインタの値渡し/参照の値渡し"は普通区別して考えます。
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したがって、この質問の表題
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> 配列を引数にしたとき、それは自動的に参照渡し（ポインター）になるのですか？
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は「参照渡し（ポインター）」という表現がおかしく感じられます。
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ポインターを渡すことを参照渡しとは呼びません。
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PHPは値渡しも参照渡しも両方ある言語です。
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Java, Python, JavaScript, C言語は値渡ししかない言語です。
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PythonとJavaScriptは変数が参照でしかないので、"参照の値渡し"しか起きません。
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> C言語でポインターとして渡された状態と同じことが、Pythonや、PHP, Java, JavaScriptなどの言語でも起こるのでしょうか？
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Javaの参照型, Python, JavaScript はそうです。
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Javaの参照型, Python, JavaScript はそうです。
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C言語でポインターとして渡された状態と同じく、"参照の値渡し"が起きています。（"参照渡し"ではありません）
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