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以上から、質問者の`var[0]`の値は、やはり、ここでの`var2`の値となっている、つまり改行文字ではなく`\`と`n`の2文字になってしまっていると考えられます。
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参考までに、`|linebreaks`を付けないと、以下のようになります。
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<div>{{var1 |safe}}</div>
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<div>{{var2 |safe}}</div>
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これは**サンプル**です． これはsampleです．
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これは**サンプル**です．\nこれはsampleです．
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<head>
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<title>test</title>
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<div>これは<b>サンプル</b>です．
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これはsampleです．</div>
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<div>これは<b>サンプル</b>です．\nこれはsampleです．</div>
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`var1`には改行が入っているのがわかりますよね。
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`var2`は当然`\n`の2文字のままです。
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'var1': "これは<b>サンプル</b>です．\nこれはsampleです．",
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-
'var2': r"これは<b>サンプル</b>ですnこれはsampleです．"
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'var2': r"これは<b>サンプル</b>です．\nこれはsampleです．"
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