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Processing IDEではおそらくできません。
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できたとしてもツリー表示のようなものがなく、タブが横に並ぶだけなのであまり意味がありませんし。
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要望を出すことはできます。あるいは自分で改造することも可能です。
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[processing/processing: Source code for the Processing Core and Development Environment (PDE)](https://github.com/processing/processing)
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[processing/processing4: Processing 4.x releases (currently in “alpha”) that use Java 11](https://github.com/processing/processing4)
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ほかのIDEを使えばあるいは可能かもしれません（私はわかりません^^;
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個人的にはProcessingはカジュアルさに意味があると思うので、フォルダ分けしたくなるほどの大量のコードになるのはどうかなと思います。
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個人的には`Processing`はカジュアルさに意味があると思うので、フォルダ分けしたくなるほどの大量のコードになるのはどうかなと思います。
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Processingの仕組み上`.pde`は`PApplet`の中に展開されるので、`.pde`はクラス別ではなく処理の意味別（関連のあるクラスやメソッド）に分けたりしていますね。
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`.java`は別クラスになりますから、仕様が固まって編集することがなくなれば、ライブラリにしてしまってもいいかもしれません。
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