回答編集履歴
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質問の更新に対するレスポンス
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while (SwSerial.available() > 0){...} の上にさらにループが必要だと分かっていただけましたか？つまり何が言いたいかというと、loop関数を使ってあげてねということです
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現在setup内で行っている、deep_sleepする処理を、どういうときにさせたいのかを考えれば、どこに書けばいいのかわかると思います。
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「どういうときにsleepさせたいの？」
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「その処理を行っているのはどこなの？」
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を考えてください
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最初に while (SwSerial.available() > 0) に到達した時、SwSerial.available() の値がどうなると思われますか？
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つまり、起動直後にシリアルにデータが入ってきていることがあるかどうかということですが
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https://garretlab.web.fc2.com/arduino_reference/language/functions/communication/serial/available.html
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Serial.available()は、「シリアルポートから読み取り可能なバイト数(文字数)を取得する。これは、すでにArduinoボードに到着していて、シリアル通信用の受信バッファに格納されているデータである。シリアル通信用の受信バッファは64バイトまで格納することができる。」関数です。
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つまり、while (SwSerial.available() > 0){...}は、「シリアルポートに何か入力が入っている場合は{...}ブロックの中身を実行し、シリアルポートに何かが入った状態でなくなったら、抜ける」処理となります。
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さて、SerialをSerial.beginした直後のタイミングで、シリアルポートに何か入っている（相手から何かデータが送られている）でしょうか？送られていませんね。その結果、whileのブロックの中の処理は全く行わず、そのままdeep_sleep処理に入っているということです。
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while (SwSerial.available() > 0){...} の上にさらにループが必要だと分かっていただけましたか？つまり何が言いたいかというと、loop関数を使ってあげてねということです
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