回答編集履歴
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文言を追加
answer
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回答が遅くなりました。
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問題を単純化して、読み込んだmhd形式のファイルを、いったん画像データのみndarrayに変換してから、再度同じmhd形式で別名保存するとします。
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質問文に添付された断片的なコードからは、正確にどのような過程を経て画像データの読み込みから書き出しまでが行われているかわからないのですが、推測を交えて以下のようにコードを拾って構成してみました（Pythonインタプリタで実行しています）。mhd形式のファイルは手元になかったので、ネットで探して
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