回答編集履歴
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コード変更
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category型になっておりました。
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object型に変更することで、想定した動作になります。
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こちらの投稿はstackoverflowとのマルチポストとなります。 (非推奨と知らず申し訳ございません)
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[stackoverflowの記事はこちら](https://ja.stackoverflow.com/questions/77334/pandas%e3%81%aegroupby%e3%81%8c%e3%81%86%e3%81%be%e3%81%8f%e6%a9%9f%e8%83%bd%e3%81%97%e3%81%a6%e3%81%84%e3%81%aa%e3%81%84%e3%81%ae%e3%81%a7%e6%95%99%e3%81%88%e3%81%a6%e3%81%84%e3%81%9f%e3%81%a0%e3%81%8d%e3%81%9f%e3%81%84%e3%81%a7%e3%81%99)
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こちらにベストアンサーを選ばせていただきました。
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コメントにも書きましたが、以下の承認された回答にある通りです。
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Pandas groupby with categories with redundant nan
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Since Pandas 0.23.0, the groupby method can now take a parameter observed which fixes this issue if it is set to True (False by default). Below is the exact same code as in the question with just observed=True added:
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pandas.DataFrame.groupby — pandas 1.2.4 documentation
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observed: bool, default False
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This only applies if any of the groupers are Categoricals. If True: only show observed values for categorical groupers. If False: show all values for categorical groupers.
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詳細に記載
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category型になっておりました。
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object型に変更することで、想定した動作になります。
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