回答編集履歴
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ちなみに`pip install mecab`だと、**インストール済みのmecab共有ライブラリ(libmecab.so)**を呼び出すようなPythonバインディングが**コンパイル**されます。
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(追記)
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ec2-userが一般ユーザで`/usr/lib`や`/usr/local/lib`に書き込み権限がないので、`/home/ec2-user/.local/lib`にインストールされていて、ec2-user以外のユーザからは読めないのかもしれません。
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とすると
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```python
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/usr/bin/python3 -c 'import sys; any(map(print, sys.path))'
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/usr/bin/python3 -m pip -V
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```
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と
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```
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sudo /usr/bin/python3 -c 'import sys; any(map(print, sys.path))'
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sudo /usr/bin/python3 -m pip -V
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```
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の結果が違うという感じでしょうか。
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システム側にライブラリを入れたいので
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```shell
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sudo python3 -m pip install mecab-python3
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```
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がよさそうです。
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というのはよくないです。どちらか**後に**インストールした方だけが有効になっているはずです。
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どこの libmecab を使っているか、どこの辞書を読んでいるかを把握していないという事態が想像されます。
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(追記)
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情報として。
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`pip install mecab-python3`した時にsite-packagesの配下は
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MeCab → Pythonバインディング（共有ライブラリを呼び出すためのコード）。`import MeCab`した時に探索されてロードされるのはここの`__init__.py`
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mecab_python3-1.0.3.dist-info → mecab_python3 1.0.3 をインストールしたというメタデータ
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mecab_python3.libs → C++コードからコンパイルされてバイナリ配布されている共有ライブラリ（Linuxでいうと`libmecab.so`）。形態素解析器の**本体**
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という構成です。これらが全部入ります。
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ちなみに`pip install mecab`だと、**インストール済みのmecab共有ライブラリ(libmecab.so)**を呼び出すようなPythonバインディングが**コンパイル**されます。
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(この項追記)
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別の可能性として
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pip install mecab
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pip install mecab-python3
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pip install mecab-python
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pip uninstall mecab-python
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```
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などとして、MeCabモジュールが消えてしまって、でもmecabとmecab-python3のdist-infoだけが残っている、とかでしょうか。
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その可能性を考えると
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pip show mecab-python3
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```
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して`Location`の下にMeCabディレクトリが存在するか確認した方がよかったかもしれません。
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それはそれとして
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追記
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これだと単純に**DjangoがそのPythonで動いてない**だけだと想像します。
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これだと単純に**Djangoがその（=pipでモジュールを確認している）Pythonで動いてない**だけだと想像します。
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