回答編集履歴

  Anacondaはそもそも単純にPythonだけの環境ではありません。PythonとPythonのライブラリだけではなく、さまざまなバイナリパッケージも提供しています。（PythonライブラリのXを使うのにlibXのバイナリが必要な場合、利用者がlibXを用意しなくてもAnacondaから提供されます。Windowsでは便利でした。最近はPythonライブラリがlibXを用意して入れてくれるものも多くなっているので話はややこしいですが）

  したがって、Anacondaの仮想環境はPythonのライブラリだけではなくバイナリパッケージも分離できるものになります。

 

  それぞれで何を管理し何を分離するか? が違うわけです。