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・・・と思いましたが、非同期バージョンのメソッドしかない場合は TPL ではどうしようもないし、UI がブロックされるのは避けられないし、Task.WhenAll(...) に await を付与すればデッドロックになることはないので、Parallel.Invoke など使わないで、質問者さんの「試したこと」のコードのようにして並列化については OS に任せるのが良さそうと思い直しました。
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ただ、下の太字で書いたそもそもの話があって、DB が相手であれば、join した SELECT クエリを作ってそれを一回だけ DB に投げてデータを取得するのが正解だと思います。
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~~非同期版 InputData.GetRowsAsync(), Master.GetRowsAsync() を使って「試したこと」のコードのようにすると、非同期版メソッドの中で await を使っているでしょうから、それと Task.Result がお互い待機しあってデッドロックに陥るかもしれません。（コンソールアプリは仕組みが違っていてデッドロックにならないので注意）~~ 【12/27 11:15 訂正】Task.WhenAll に await が付与されているのを見落としてました。削除します。
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~~（非同期版メソッド InputData.GetRowsAsync(), Master.GetRowsAsync() に同期バージョンがあれば、それを使えば「試したこと」のコードのように WhenAll を使ったコードでもデッドロックの問題は無いと思います。下のサンプルコードの button5_Click メソッドを見てください。ただし、マルチコアが利用されるかどうかが分かりません。サンプルを作って動かしてみるとそんな感じがしますが、確信が持てないです）~~
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質問者さんのコードの GetRowsAsync(), GetRowsAsync() に同期バージョンがあればそれと Parallel.Invoke を利用するのがよさそうです。例えば同期バージョンのメソッドに GetRows(), GetRows() というのがあるとすると、以下のような感じ。
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質問者さんのコードの InputData.GetRowsAsync(), Master.GetRowsAsync() に同期バージョンがあればそれと Parallel.Invoke を利用するのがよさそうです。例えば同期バージョンのメソッドに InputData.GetRows(), Master.GetRows() というのがあるとすると、以下のような感じ。
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非同期版 GetRowsAsync(), GetRowsAsync() を使って「試したこと」のコードのようにすると、非同期版メソッドの中で await を使っているでしょうから、それと Task.Result がお互い待機しあってデッドロックに陥るかもしれません。（コンソールアプリは仕組みが違っていてデッドロックにならないので注意）
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（非同期版メソッド GetRowsAsync(), GetRowsAsync() に同期バージョンがあれば、それを使えば「試したこと」のコードのように WhenAll を使ったコードでもデッドロックの問題は無いと思います。下のサンプルコードの button5_Click メソッドを見てください。ただし、マルチコアが利用されるかどうかが分かりません。サンプルを作って動かしてみるとそんな感じがしますが、確信が持てないです）
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非同期版 InputData.GetRowsAsync(), Master.GetRowsAsync() を使って「試したこと」のコードのようにすると、非同期版メソッドの中で await を使っているでしょうから、それと Task.Result がお互い待機しあってデッドロックに陥るかもしれません。（コンソールアプリは仕組みが違っていてデッドロックにならないので注意）
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（非同期版メソッド InputData.GetRowsAsync(), Master.GetRowsAsync() に同期バージョンがあれば、それを使えば「試したこと」のコードのように WhenAll を使ったコードでもデッドロックの問題は無いと思います。下のサンプルコードの button5_Click メソッドを見てください。ただし、マルチコアが利用されるかどうかが分かりません。サンプルを作って動かしてみるとそんな感じがしますが、確信が持てないです）
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ただ、そもそもの話として、相手が DB で Linq to Entities で処理するなら、Linq 式で JOIN した SELECT クエリを生成させて、それを一本だけ DB に投げて目的のデータを取得できるのではないですか？ であれば、クエリを 2 つに分けて DB に 2 回クエリを投げるより、その方が早いのではないですか？
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**ただ、そもそもの話として、相手が DB で Linq to Entities で処理するなら、Linq 式で JOIN した SELECT クエリを生成させて、それを一本だけ DB に投げて目的のデータを取得できるのではないですか？ であれば、クエリを 2 つに分けて DB に 2 回クエリを投げるより、その方が早いのではないですか？**
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（非同期版メソッド GetRowsAsync(), GetRowsAsync() に同期バージョンがあれば、それを使えば「試したこと」のコードのように WhenAll を使ったコードでもデッドロックの問題は無いと思います。ただし、マルチコアが利用されるかどうかが分かりません。サンプルを作って動かしてみるとそんな感じがしますが、確信が持てないです）
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（非同期版メソッド GetRowsAsync(), GetRowsAsync() に同期バージョンがあれば、それを使えば「試したこと」のコードのように WhenAll を使ったコードでもデッドロックの問題は無いと思います。下のサンプルコードの button5_Click メソッドを見てください。ただし、マルチコアが利用されるかどうかが分かりません。サンプルを作って動かしてみるとそんな感じがしますが、確信が持てないです）
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