回答編集履歴
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補足を追加
answer
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@@ -1,3 +1,3 @@
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起動するときに 下記のように コマンドラインからオプションをつけて起動しているので、 コマンドラインの設定が、my.cnf の設定値を上書きしているのだと思います。
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> /usr/bin/mysqld_safe --datadir=/var/lib/mysql --socket=/var/lib/mysql/mysql.sock --pid-file=/var/lib/mysql/mysqld.pid --user=mysql >/dev/null 2>&1
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> /usr/bin/mysqld_safe --datadir=/var/lib/mysql --socket=/var/lib/mysql/mysql.sock --pid-file=/var/lib/mysql/mysqld.pid --user=mysql >/dev/null 2>&1 (一例です)
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