回答編集履歴
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Unity 2019で見たテクスチャプレビューを追記
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@@ -280,4 +280,8 @@
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280
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せっかくなのでオブジェクトに適用してみました。なおテクスチャ自体はグレーですが、下図では階調に応じて着色し見やすくしてあります。Z方向にも次元を持つテクスチャですので、任意の向きで断面を描かせることができました。
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+
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+
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+
##Unity 2019.4.13f1で見たHeadの様子
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ネームスペースを削除、エディター用スクリプトであることを勘案し文面を修正
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@@ -8,7 +8,7 @@
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8
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> var texture = image.RenderImage().AsTexture2D();
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> ```
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だけで`Texture2D`ができあがるという親切お手軽設計でした。そこで凹みTipsさんとはちょっと違ったアプローチですが、まずfo-dicomをインポートした上で下記のようなスクリプトを
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だけで`Texture2D`ができあがるという親切お手軽設計でした。そこで凹みTipsさんとはちょっと違ったアプローチですが、まずfo-dicomをインポートした上で、プロジェクト内にEditorフォルダを作って下記のようなスクリプトを置き...
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12
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13
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```C#
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14
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using System;
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@@ -19,250 +19,247 @@
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using UnityEngine;
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using Object = UnityEngine.Object;
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+
public static class DicomFilesToTexture3D
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{
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+
[MenuItem("Utility/DICOM/Create Texture3D from DICOM files")]
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+
private static void CreateTexture3DFromDicomFiles()
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{
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-
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+
// まずフォルダ選択ダイアログを出し、DICOMファイル群が収められたフォルダを選んでもらう
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-
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+
var sourceFolderPath = EditorUtility.OpenFolderPanel(
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+
"Choose a folder that contains DICOM (*.dcm, *.dic) images",
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+
string.Empty,
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+
string.Empty);
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+
if (string.IsNullOrEmpty(sourceFolderPath))
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{
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29
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-
// まずフォルダ選択ダイアログを出し、DICOMファイル群が収められたフォルダを選んでもらう
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30
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-
var sourceFolderPath = EditorUtility.OpenFolderPanel(
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31
|
-
"Choose a folder that contains DICOM (*.dcm, *.dic) images",
|
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32
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-
string.Empty,
|
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33
|
-
string.Empty);
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34
|
-
if (string.IsNullOrEmpty(sourceFolderPath))
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35
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-
{
|
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-
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34
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+
return;
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-
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35
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+
}
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-
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37
|
+
if (!Directory.Exists(sourceFolderPath))
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-
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+
{
|
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41
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-
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39
|
+
EditorUtility.DisplayDialog("Invalid source", "Choose a valid source folder.", "OK");
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-
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40
|
+
return;
|
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-
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41
|
+
}
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|
-
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|
+
// フォルダ内でファイル名が「.dcm」または「.dic」で終わるものを抜き出してファイルパスを得る
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-
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+
var sourceFilePaths = Directory.EnumerateFiles(sourceFolderPath).Where(
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-
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+
path => !string.IsNullOrEmpty(path) &&
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-
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46
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+
(path.EndsWith(".dcm", StringComparison.OrdinalIgnoreCase) ||
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-
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47
|
+
path.EndsWith(".dic", StringComparison.OrdinalIgnoreCase)))
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-
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48
|
+
.OrderBy(path => path).ToArray();
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|
51
|
-
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49
|
+
var sourceFileCount = sourceFilePaths.Length;
|
|
52
|
-
|
|
50
|
+
if (sourceFileCount <= 0)
|
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-
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51
|
+
{
|
|
54
|
-
|
|
52
|
+
EditorUtility.DisplayDialog("Invalid source", "No DICOM images were found.", "OK");
|
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55
|
-
|
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53
|
+
return;
|
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56
|
-
|
|
54
|
+
}
|
|
57
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58
|
-
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56
|
+
// ひとまず最初のファイルからDicomImageを作り、できあがるであろうTexture3Dの
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-
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57
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+
// サイズ見積もりを提示し、続行するかどうか確認する
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-
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58
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+
var firstFilePath = sourceFilePaths.First();
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61
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-
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59
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+
DicomImage firstImage;
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62
|
-
|
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60
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+
try
|
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63
|
-
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|
61
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+
{
|
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64
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-
|
|
62
|
+
firstImage = new DicomImage(firstFilePath);
|
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65
|
-
|
|
63
|
+
}
|
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66
|
-
|
|
64
|
+
catch (Exception e)
|
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67
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-
|
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65
|
+
{
|
|
68
|
-
|
|
66
|
+
EditorUtility.DisplayDialog("Failed", $"{e.GetType()}\n{e.Message}", "OK");
|
|
69
|
-
|
|
67
|
+
throw;
|
|
70
|
-
|
|
68
|
+
}
|
|
71
69
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72
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-
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73
|
-
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74
|
-
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75
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-
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76
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-
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77
|
-
|
|
78
|
-
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|
-
|
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80
|
-
|
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81
|
-
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82
|
-
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70
|
+
var dimension = new Vector3Int(
|
|
71
|
+
firstImage.Width,
|
|
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|
+
firstImage.Height,
|
|
73
|
+
firstImage.NumberOfFrames > 1 ? firstImage.NumberOfFrames : sourceFileCount);
|
|
74
|
+
var resultSize = dimension.x * dimension.y * dimension.z * 4;
|
|
75
|
+
var resultSizeInKib = resultSize / 1024.0;
|
|
76
|
+
var resultSizeInMib = resultSizeInKib / 1024.0;
|
|
77
|
+
var resultSizeInGib = resultSizeInMib / 1024.0;
|
|
78
|
+
if (!EditorUtility.DisplayDialog(
|
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79
|
+
"Confirm Texture3D data size",
|
|
80
|
+
$"The resulting Texture3D data size will be {resultSize} bytes ({(resultSizeInGib >= 1.0 ? $"{resultSizeInGib:0.##} GB" : resultSizeInMib >= 1.0 ? $"{resultSizeInMib:0.##} MB" : $"{resultSizeInKib:0.##} KB")}). Are you sure want to continue?",
|
|
81
|
+
"Continue",
|
|
82
|
+
"Cancel"))
|
|
83
|
+
{
|
|
84
|
+
return;
|
|
85
|
+
}
|
|
86
|
+
|
|
87
|
+
Texture3D resultTexture;
|
|
88
|
+
if (firstImage.NumberOfFrames > 1)
|
|
89
|
+
{
|
|
90
|
+
// DICOMは1つのファイルに複数枚のフレームを持つこともできるらしい?
|
|
91
|
+
// それらフレームが個々の断面を表しているケースもあるのかもしれない...と思い
|
|
92
|
+
// 先ほど作ったDicomImageに複数のフレームが格納されている場合は、それぞれの
|
|
93
|
+
// フレームを断面と見なすことにし、もしフォルダ内に他のDICOMファイルが入っていたとしても
|
|
94
|
+
// それらは無視することにした
|
|
95
|
+
if ((sourceFileCount > 1) && !EditorUtility.DisplayDialog(
|
|
96
|
+
"Texture3D will be created from single file",
|
|
97
|
+
$"{sourceFileCount} DICOM images exist in the folder {Path.GetFileName(sourceFolderPath)}, but file {Path.GetFileName(firstFilePath)} has multiple frames and the Texture3D slices will be taken from this file. All other files will be ignored.",
|
|
83
98
|
"Continue",
|
|
84
99
|
"Cancel"))
|
|
85
100
|
{
|
|
86
101
|
return;
|
|
87
102
|
}
|
|
88
103
|
|
|
89
|
-
|
|
104
|
+
// まずTexture3Dを生成して...
|
|
105
|
+
resultTexture = new Texture3D(dimension.x, dimension.y, dimension.z, TextureFormat.RGBA32, false);
|
|
90
|
-
|
|
106
|
+
for (var i = 0; i < firstImage.NumberOfFrames; i++)
|
|
91
107
|
{
|
|
92
|
-
//
|
|
93
|
-
// そ
|
|
94
|
-
|
|
95
|
-
// フレームを断面と見なすことにし、もしフォルダ内に他のDICOMファイルが入っていたとしても
|
|
96
|
-
// それらは無視することにした
|
|
97
|
-
if ((sourceFileCount > 1) && !EditorUtility.DisplayDialog(
|
|
98
|
-
"Texture3D will be created from single file",
|
|
99
|
-
$"{sourceFileCount} DICOM images exist in the folder {Path.GetFileName(sourceFolderPath)}, but file {Path.GetFileName(firstFilePath)} has multiple frames and the Texture3D slices will be taken from this file. All other files will be ignored.",
|
|
100
|
-
"Continue",
|
|
101
|
-
"Cancel"))
|
|
108
|
+
// 各フレームからUnityImageを生成、さらにそれからTexture2Dを生成して
|
|
109
|
+
// そのデータをTexture3Dにコピー、最後に用済みのTexture2Dを削除する
|
|
110
|
+
try
|
|
102
111
|
{
|
|
103
|
-
return;
|
|
104
|
-
}
|
|
105
|
-
|
|
106
|
-
// まずTexture3Dを生成して...
|
|
107
|
-
resultTexture = new Texture3D(dimension.x, dimension.y, dimension.z, TextureFormat.RGBA32, false);
|
|
108
|
-
|
|
112
|
+
using (var tempImage = firstImage.RenderImage(i))
|
|
109
|
-
{
|
|
110
|
-
// 各フレームからUnityImageを生成、さらにそれからTexture2Dを生成して
|
|
111
|
-
// そのデータをTexture3Dにコピー、最後に用済みのTexture2Dを削除する
|
|
112
|
-
try
|
|
113
113
|
{
|
|
114
|
-
using (var tempImage = firstImage.RenderImage(i))
|
|
115
|
-
{
|
|
116
|
-
|
|
114
|
+
var tempTexture = tempImage.AsTexture2D();
|
|
117
|
-
|
|
115
|
+
Graphics.CopyTexture(tempTexture, 0, 0, resultTexture, i, 0);
|
|
118
|
-
|
|
116
|
+
Object.DestroyImmediate(tempTexture);
|
|
119
|
-
}
|
|
120
117
|
}
|
|
121
|
-
catch (Exception e)
|
|
122
|
-
{
|
|
123
|
-
EditorUtility.DisplayDialog("Failed", $"{e.GetType()}\n{e.Message}", "OK");
|
|
124
|
-
Object.DestroyImmediate(resultTexture);
|
|
125
|
-
throw;
|
|
126
|
-
}
|
|
127
118
|
}
|
|
119
|
+
catch (Exception e)
|
|
120
|
+
{
|
|
121
|
+
EditorUtility.DisplayDialog("Failed", $"{e.GetType()}\n{e.Message}", "OK");
|
|
122
|
+
Object.DestroyImmediate(resultTexture);
|
|
123
|
+
throw;
|
|
124
|
+
}
|
|
128
125
|
}
|
|
126
|
+
}
|
|
129
|
-
|
|
127
|
+
else
|
|
128
|
+
{
|
|
129
|
+
// 最初に調べた1枚目のDicomImageがシングルフレームだったなら、
|
|
130
|
+
// 断面がそれぞれ1ファイルずつに分けられているものと想定する
|
|
131
|
+
// まずTexture3Dを生成して...
|
|
132
|
+
resultTexture = new Texture3D(dimension.x, dimension.y, dimension.z, TextureFormat.RGBA32, false);
|
|
133
|
+
for (var i = 0; i < sourceFilePaths.Length; i++)
|
|
130
134
|
{
|
|
131
|
-
// 最初に調べた1枚目のDicomImageがシングルフレームだったなら、
|
|
132
|
-
//
|
|
135
|
+
// フォルダ内のファイルを1つずつ列挙し、DicomImageを作る
|
|
133
|
-
// まずTexture3Dを生成して...
|
|
134
|
-
resultTexture = new Texture3D(dimension.x, dimension.y, dimension.z, TextureFormat.RGBA32, false);
|
|
135
|
-
|
|
136
|
+
var sourceFilePath = sourceFilePaths[i];
|
|
137
|
+
var sourceFileName = Path.GetFileName(sourceFilePath);
|
|
138
|
+
DicomImage image;
|
|
139
|
+
try
|
|
136
140
|
{
|
|
137
|
-
// フォルダ内のファイルを1つずつ列挙し、DicomImageを作る
|
|
138
|
-
|
|
141
|
+
image = new DicomImage(sourceFilePath);
|
|
139
|
-
|
|
142
|
+
}
|
|
140
|
-
|
|
143
|
+
catch (Exception e)
|
|
141
|
-
try
|
|
142
|
-
|
|
144
|
+
{
|
|
145
|
+
EditorUtility.DisplayDialog("Failed", $"{e.GetType()}\n{e.Message}", "OK");
|
|
143
|
-
|
|
146
|
+
Object.DestroyImmediate(resultTexture);
|
|
147
|
+
throw;
|
|
144
|
-
|
|
148
|
+
}
|
|
145
|
-
catch (Exception e)
|
|
146
|
-
{
|
|
147
|
-
EditorUtility.DisplayDialog("Failed", $"{e.GetType()}\n{e.Message}", "OK");
|
|
148
|
-
Object.DestroyImmediate(resultTexture);
|
|
149
|
-
throw;
|
|
150
|
-
}
|
|
151
149
|
|
|
152
|
-
|
|
150
|
+
// こちらのケースでは1つのファイルが1つの断面を表していることを前提としており、
|
|
153
|
-
|
|
151
|
+
// もしそこに複数フレームを持つファイルがまぎれ込んでいたら異常事態と見なして中断する
|
|
154
|
-
|
|
152
|
+
if (image.NumberOfFrames > 1)
|
|
155
|
-
|
|
153
|
+
{
|
|
156
|
-
|
|
154
|
+
EditorUtility.DisplayDialog(
|
|
157
|
-
|
|
155
|
+
"Invalid source",
|
|
158
|
-
|
|
156
|
+
$"A multi-frame image {sourceFileName} was found.",
|
|
159
|
-
|
|
157
|
+
"OK");
|
|
160
|
-
|
|
158
|
+
Object.DestroyImmediate(resultTexture);
|
|
161
|
-
|
|
159
|
+
return;
|
|
162
|
-
|
|
160
|
+
}
|
|
163
161
|
|
|
164
|
-
|
|
162
|
+
// また、すべての断面は幅・高さが同じでないとまずいため、
|
|
165
|
-
|
|
163
|
+
// もしそうでないファイルがまぎれ込んでいた場合も中断する
|
|
166
|
-
|
|
164
|
+
if ((image.Width != dimension.x) || (image.Height != dimension.y))
|
|
167
|
-
|
|
165
|
+
{
|
|
168
|
-
|
|
166
|
+
EditorUtility.DisplayDialog(
|
|
169
|
-
|
|
167
|
+
"Invalid source",
|
|
170
|
-
|
|
168
|
+
$"All images should be the same size. The expected size is ({dimension.x}, {dimension.y}), but the size of image {sourceFileName} is ({image.Width}, {image.Height})",
|
|
171
|
-
|
|
169
|
+
"OK");
|
|
172
|
-
|
|
170
|
+
Object.DestroyImmediate(resultTexture);
|
|
173
|
-
|
|
171
|
+
return;
|
|
174
|
-
|
|
172
|
+
}
|
|
175
173
|
|
|
176
|
-
|
|
174
|
+
// DicomImageからUnityImageを生成、さらにそれからTexture2Dを生成して
|
|
177
|
-
|
|
175
|
+
// そのデータをTexture3Dにコピー、最後に用済みのTexture2Dを削除する
|
|
178
|
-
|
|
176
|
+
try
|
|
177
|
+
{
|
|
178
|
+
using (var tempImage = image.RenderImage())
|
|
179
179
|
{
|
|
180
|
-
using (var tempImage = image.RenderImage())
|
|
181
|
-
{
|
|
182
|
-
|
|
180
|
+
var tempTexture = tempImage.AsTexture2D();
|
|
183
|
-
|
|
181
|
+
Graphics.CopyTexture(tempTexture, 0, 0, resultTexture, i, 0);
|
|
184
|
-
|
|
182
|
+
Object.DestroyImmediate(tempTexture);
|
|
185
|
-
}
|
|
186
183
|
}
|
|
187
|
-
catch (Exception e)
|
|
188
|
-
{
|
|
189
|
-
EditorUtility.DisplayDialog("Failed", $"{e.GetType()}\n{e.Message}", "OK");
|
|
190
|
-
Object.DestroyImmediate(resultTexture);
|
|
191
|
-
throw;
|
|
192
|
-
}
|
|
193
184
|
}
|
|
185
|
+
catch (Exception e)
|
|
186
|
+
{
|
|
187
|
+
EditorUtility.DisplayDialog("Failed", $"{e.GetType()}\n{e.Message}", "OK");
|
|
188
|
+
Object.DestroyImmediate(resultTexture);
|
|
189
|
+
throw;
|
|
190
|
+
}
|
|
194
191
|
}
|
|
195
|
-
|
|
196
|
-
// セーブダイアログを出してアセットの名前、保存場所を決めてもらい...
|
|
197
|
-
var destinationPath = EditorUtility.SaveFilePanelInProject(
|
|
198
|
-
"Save Texture3D",
|
|
199
|
-
"DICOM Texture",
|
|
200
|
-
"asset",
|
|
201
|
-
"Enter an asset name for the Texture3D.");
|
|
202
|
-
if (string.IsNullOrEmpty(destinationPath))
|
|
203
|
-
{
|
|
204
|
-
Object.DestroyImmediate(resultTexture);
|
|
205
|
-
return;
|
|
206
|
-
}
|
|
207
|
-
|
|
208
|
-
// できあがったTexture3Dをアセットファイル化して保存する
|
|
209
|
-
AssetDatabase.CreateAsset(resultTexture, destinationPath);
|
|
210
|
-
AssetDatabase.SaveAssets();
|
|
211
192
|
}
|
|
212
193
|
|
|
213
|
-
// fo-dicomの作るTexture2DがRGBA32フォーマットだったので生成されるTexture3Dのフォーマットも
|
|
214
|
-
//
|
|
194
|
+
// セーブダイアログを出してアセットの名前、保存場所を決めてもらい...
|
|
215
|
-
|
|
195
|
+
var destinationPath = EditorUtility.SaveFilePanelInProject(
|
|
196
|
+
"Save Texture3D",
|
|
197
|
+
"DICOM Texture",
|
|
198
|
+
"asset",
|
|
216
|
-
|
|
199
|
+
"Enter an asset name for the Texture3D.");
|
|
217
|
-
|
|
200
|
+
if (string.IsNullOrEmpty(destinationPath))
|
|
218
201
|
{
|
|
219
|
-
|
|
202
|
+
Object.DestroyImmediate(resultTexture);
|
|
203
|
+
return;
|
|
220
204
|
}
|
|
221
205
|
|
|
222
|
-
//
|
|
206
|
+
// できあがったTexture3Dをアセットファイル化して保存する
|
|
223
|
-
[MenuItem("Utility/DICOM/Convert Texture3D format from RGBA32 to/Alpha8")]
|
|
224
|
-
|
|
207
|
+
AssetDatabase.CreateAsset(resultTexture, destinationPath);
|
|
225
|
-
{
|
|
226
|
-
|
|
208
|
+
AssetDatabase.SaveAssets();
|
|
227
|
-
|
|
209
|
+
}
|
|
228
210
|
|
|
211
|
+
// fo-dicomの作るTexture2DがRGBA32フォーマットだったので生成されるTexture3Dのフォーマットも
|
|
212
|
+
// RGBA32にしたものの、今回のようなグレースケールに4チャンネルも使うのはもったいなく思い
|
|
213
|
+
// 生成されたRGBA32のTexture3DからRだけを抜き出してR8フォーマット版を作るメソッドも用意した
|
|
214
|
+
[MenuItem("Utility/DICOM/Convert Texture3D format from RGBA32 to/R8")]
|
|
229
|
-
|
|
215
|
+
private static void ConvertToR8()
|
|
230
|
-
|
|
216
|
+
{
|
|
231
|
-
|
|
217
|
+
ConvertTo(DestinationFormat.R8);
|
|
232
|
-
if ((targetTexture == null) || (targetTexture.format != TextureFormat.RGBA32))
|
|
233
|
-
{
|
|
234
|
-
return;
|
|
235
|
-
|
|
218
|
+
}
|
|
236
219
|
|
|
220
|
+
// こちらは抜き出したRをAとして扱わせる
|
|
237
|
-
|
|
221
|
+
[MenuItem("Utility/DICOM/Convert Texture3D format from RGBA32 to/Alpha8")]
|
|
238
|
-
|
|
222
|
+
private static void ConvertToAlpha8()
|
|
239
|
-
targetTexture.width,
|
|
240
|
-
targetTexture.height,
|
|
241
|
-
targetTexture.depth,
|
|
242
|
-
(TextureFormat)format,
|
|
243
|
-
false);
|
|
244
|
-
newTexture.SetPixelData(newData, 0);
|
|
245
|
-
var destinationPath = EditorUtility.SaveFilePanelInProject(
|
|
246
|
-
"Save Texture3D",
|
|
247
|
-
$"{targetTexture.name} {format}",
|
|
248
|
-
"asset",
|
|
249
|
-
"Enter an asset name for the Texture3D.");
|
|
250
|
-
if (string.IsNullOrEmpty(destinationPath))
|
|
251
|
-
|
|
223
|
+
{
|
|
252
|
-
|
|
224
|
+
ConvertTo(DestinationFormat.Alpha8);
|
|
253
|
-
return;
|
|
254
|
-
|
|
225
|
+
}
|
|
255
226
|
|
|
256
|
-
|
|
227
|
+
private static void ConvertTo(DestinationFormat format)
|
|
228
|
+
{
|
|
257
|
-
|
|
229
|
+
var targetTexture = Selection.activeObject as Texture3D;
|
|
230
|
+
if ((targetTexture == null) || (targetTexture.format != TextureFormat.RGBA32))
|
|
231
|
+
{
|
|
232
|
+
return;
|
|
258
233
|
}
|
|
259
234
|
|
|
235
|
+
var newData = targetTexture.GetPixels32(0).Select(c => c.r).ToArray();
|
|
236
|
+
var newTexture = new Texture3D(
|
|
237
|
+
targetTexture.width,
|
|
238
|
+
targetTexture.height,
|
|
239
|
+
targetTexture.depth,
|
|
240
|
+
(TextureFormat)format,
|
|
241
|
+
false);
|
|
242
|
+
newTexture.SetPixelData(newData, 0);
|
|
243
|
+
var destinationPath = EditorUtility.SaveFilePanelInProject(
|
|
244
|
+
"Save Texture3D",
|
|
245
|
+
$"{targetTexture.name} {format}",
|
|
246
|
+
"asset",
|
|
247
|
+
"Enter an asset name for the Texture3D.");
|
|
260
|
-
|
|
248
|
+
if (string.IsNullOrEmpty(destinationPath))
|
|
261
249
|
{
|
|
262
|
-
R8 = TextureFormat.R8,
|
|
263
|
-
|
|
250
|
+
Object.DestroyImmediate(newTexture);
|
|
251
|
+
return;
|
|
264
252
|
}
|
|
253
|
+
|
|
254
|
+
AssetDatabase.CreateAsset(newTexture, destinationPath);
|
|
255
|
+
AssetDatabase.SaveAssets();
|
|
265
256
|
}
|
|
257
|
+
|
|
258
|
+
private enum DestinationFormat
|
|
259
|
+
{
|
|
260
|
+
R8 = TextureFormat.R8,
|
|
261
|
+
Alpha8 = TextureFormat.Alpha8
|
|
262
|
+
}
|
|
266
263
|
}
|
|
267
264
|
```
|
|
268
265
|
|