回答編集履歴
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answer
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> "!!! WARNING !!! AUTO-GENERATED FILE, PLEASE DO NOT MODIFY IT AND USE https://docs.platformio.org/page/projectconf/section_env_build.html#build-flags"
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~~質問文には全く出てきませんが、おそらく~~「PlatformIO」の拡張機能を組み込んでいますよね。その場合、インクルードパスだの何だのの設定は`PlatformIO.ini`に書き、PlatformIO側で`c_cpp_properties.json`を自動生成する仕組みになっています。
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ですから、上の引用文の後半で提示されているURLの説明を見て、そこに書かれているやりかたで追加する内容を`PlatformIO.ini`に書いてください。
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