回答編集履歴
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xpath 例
test
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@@ -19,3 +19,193 @@
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こんな感じで実行して、問題なくxmlデータが出力されればいいのですが、掲出のデータではエラーメッセージが出るはずです。これをまず潰してください。
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# xpathを検討してみる
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便宜上、中身を簡略化した次のようなテスト用データで考えてみます。
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```xml
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<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
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<!-- test200622a.xml -->
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<BioSampleSet>
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<BioSample> <!-- 理想を体現したノード -->
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<Ids>
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<Id>id1</Id>
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</Ids>
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<Attributes>
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<Attribute attribute_name="strain">DOA9</Attribute>
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<Attribute attribute_name="material">soil</Attribute>
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</Attributes>
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</BioSample>
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<BioSample> <!-- idは上と同じだがmaterialがないノード -->
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<Ids>
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<Id>id1</Id>
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</Ids>
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+
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<Attributes>
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<Attribute attribute_name="strain">XXXX</Attribute>
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</Attributes>
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+
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</BioSample>
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<BioSample> <!-- idは上と違いmaterialがあるノード -->
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<Ids>
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<Id>id2</Id>
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+
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</Ids>
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+
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<Attributes>
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<Attribute attribute_name="strain">YYYY</Attribute>
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<Attribute attribute_name="material">soil</Attribute>
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+
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</Attributes>
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</BioSample>
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+
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</BioSampleSet>
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+
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```
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私の環境ではperlのXML::Pathモジュールに付随した`xpath`というツールが入っているのでこれを使いますが、xpathの書式はxmllintでも同じです。
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ここではId="id1"なノードをまず探してみることにします。
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```
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% xpath -e '//Id[text()="id1"]' test200622.xml
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Found 2 nodes in test200622.xml:
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-- NODE --
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<Id>id1</Id>
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-- NODE --
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<Id>id1</Id>
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```
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次に、最終的にたどり着きたいノードAttributeと出発点のIdの位置関係を確認します。両ノードの共通祖先はBioSampleで、これはIdから見て2世代上になります。そこで、Idから二つ遡ったノードにアクセスするXpathを考えます。
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```
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+
xpath -e '//Id[text()="id1"]/../..' test200622.xml [ ~/work ]
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Found 2 nodes in test200622.xml:
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-- NODE --
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<BioSample> <!-- 理想を体現したノード -->
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<Ids>
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+
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<Id>id1</Id>
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+
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141
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+
</Ids>
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+
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<Attributes>
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+
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<Attribute attribute_name="strain">DOA9</Attribute>
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+
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147
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+
<Attribute attribute_name="material">soil</Attribute>
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+
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+
</Attributes>
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+
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</BioSample>
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-- NODE --
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+
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<BioSample> <!-- idは上と同じだがmaterialがないノード -->
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+
<Ids>
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158
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+
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+
<Id>id1</Id>
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+
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161
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</Ids>
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162
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+
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163
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+
<Attributes>
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164
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+
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165
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+
<Attribute attribute_name="strain">XXXX</Attribute>
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166
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+
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167
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+
</Attributes>
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168
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+
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</BioSample>
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+
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```
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さらにAttributeにおりていく記述を追加します。相手にするのは"material"なAttributeなので、制約条件を付けます。
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```
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+
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xpath -e '//Id[text()="id1"]/../..//Attribute[@attribute_name="material"]' test200622.xml [ ~/work ]
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Found 1 nodes in test200622.xml:
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-- NODE --
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<Attribute attribute_name="material">soil</Attribute>
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```
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タグの中身だけあればいいので、
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```
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xpath -e '//Id[text()="id1"]/../..//Attribute[@attribute_name="material"]/text()' test200622.xml [ ~/work ]
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Found 1 nodes in test200622.xml:
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-- NODE --
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soil
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206
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```
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208
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209
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+
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+
複数のIDについて処理し、なおかつIDと結果の対応がわかるように出力するためには、xpathの外で仕掛けを作る必要があるでしょう。
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