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> そこからの改善がよくわからないです。
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mecabには詳しくないのですが、正常にmecabで出力したものでもこの事象が発生するのであれば、Hirasawa_Yui_3さんが記載されたコードのように分岐を追加すればよいかと思います。
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EOSと条件をまとめると以下のようになるでしょうか。
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for line in text:
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if line in ['EOS', '']:
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continue
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