回答編集履歴
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以下参考
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[MySQL: INSERT...ON DUPLICATE KEY UPDATEまとめ](https://qiita.com/yuzroz/items/f0eccf847b2ea42f885f)
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高速に処理するためにはSQLの発行回数を減らす事ですが、CSVを逐次読み込んでという事なら、Values句に値を並べる事になりますが、それよりも、CSVの取込をCSVの項目と一致した全てテキスト型の項目のワークテーブル（一時テーブルも考慮）を用意して、[LOAD DATA INFILE](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/load-data.html)で取込し、そのテーブルを元に`insert
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高速に処理するためにはSQLの発行回数を減らす事ですが、CSVを逐次読み込んでという事なら、Values句に値を並べる事になりますが、それよりも、CSVの取込をCSVの項目と一致した全てテキスト型の項目のワークテーブル（一時テーブルも考慮）を用意して、[LOAD DATA INFILE](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/load-data.html)で取込し、そのテーブルを元に`insert into select ON DUPLICATE KEY UPDATE`を行うのが一番処理時間の短縮が図れると思います。
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仮にCSVのエラーチェックなどがあったとしても、そのワークテーブルでSQL一括で行う方が高速です。
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[MySQL: INSERT...ON DUPLICATE KEY UPDATEまとめ](https://qiita.com/yuzroz/items/f0eccf847b2ea42f885f)
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高速に処理するためにはSQLの発行回数を減らす事ですが、CSVを逐次読み込んでという事なら、Values句に値を並べる事になりますが、それよりも、CSVの取込をCSVの項目と一致した全てテキスト型の項目テーブルを用意して、[LOAD DATA INFILE](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/load-data.html)で取込し、そのテーブルを元に`insert int select ON DUPLICATE KEY UPDATE`を行うのが一番処理時間の短縮が図れると思います。
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高速に処理するためにはSQLの発行回数を減らす事ですが、CSVを逐次読み込んでという事なら、Values句に値を並べる事になりますが、それよりも、CSVの取込をCSVの項目と一致した全てテキスト型の項目のワークテーブル（一時テーブルも考慮）を用意して、[LOAD DATA INFILE](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/load-data.html)で取込し、そのテーブルを元に`insert int select ON DUPLICATE KEY UPDATE`を行うのが一番処理時間の短縮が図れると思います。
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仮にCSVのエラーチェックなどがあったとしても、そのワークテーブルでSQL一括で行う方が高速です。
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