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とあり、ignoring NaNsと言うことでNaNは敢えて無視しています。
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_get_valuesではmaskと言う入力したaと同じサイズの行列を作り、NaNに対してはTrueそれ以外はFalseをセットし、最後にnp.putmaskでmaskがTrueの要素は強制的に0にした値をnansumに返しています。Numpyにputmaskなんて関数があったんですね。知りませんでした。これでほぼ動作が全て解明されました。
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np.putmask(values, mask, fill_value)
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ところでskipnaがデフォルトでTrueなのでFalseにすればNaNが返るらしいことが分かりましたので。試してみた結果
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dtype: float64
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以上ご参考まで。
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既に回答は上がっていますし、sum()のドキュメントにも記述があるようですが、僕はちゃんと理由を突き止めたいので、ソースをいつも確認します。
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PyCharmなどIDEを使っていれば、.sum()の定義へ簡単に飛べますので、答えにたどり着くまで探します。（バイナリのモジュールにたどり着いてソースが不明なこともありますが）
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のsum()は
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のsum()は関数を作る関数で定義されてる様子。
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