回答編集履歴
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参考になりそうなブログ記事を追記
test
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@@ -3,3 +3,7 @@
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最近の自分にはVC++を使う必要がないので標準の文字コードが何になっているのか分かりませんが、今ググって煮たらShift-JISのようですね。
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atomだと多分UTF-8を優先に判定してそうなので、ソースコードの初めの部分が英数字のみの場合だと判定した文字コードがUTF-8になってしまって実際はS-JISなので日本語部分で文字が化けてしまっているのではないでしょうか？
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ちなみに、VS2017ですが、以下のようなブログ記事があります。いろんなツールで同じソースを編集するのであれば参考になるかもしれません。
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[Visual Studio で UTF-8 でC++を書いたら心が折れそうになった件](http://tech.hikware.com/article/20171020a.html)
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