回答編集履歴
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追記
test
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コマンドを実行するのであれば、`ssh -i キー ユーザー@ホスト コマンド`です。
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上記は、`ssh -i キー ユーザー@ホスト`しかないので、対話型シェルの起動になります。
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#追記
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なんとなく状況が分かった気がします。
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「どちらも」と書いてあったので、「awsEc2のWEBサーバーの接続」と「Javaアプリケーションの起動」が別の話かと思っていたのですが、AWSのサーバーに`ssh`でログインして、AWSサーバー上でJavaアプリケーションを動かしたいのですかね。
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であれば、とりあえずの対処でいいなら、
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```sh
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ssh -i key.pem ec2-user@ec2IPaddress.ap-northeast-1.compute.amazonaws.com java -jar test.jar &
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```
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でしょうか。
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