回答編集履歴
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追記
test
CHANGED
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名前空間の問題だと思うのですが、`"//*[name()='protein']/*[name()='recommendedName']/*[name()='fullName']"`だとどうなりますか？
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[ElementTreeやlxmlで名前空間を含むXMLの要素を取得する - orangain flavor](https://orangain.hatenablog.com/entry/namespaces-in-xpath)
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