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質問への回答を追記
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＜追記＞
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手順1の「`./data/db/`配下のファイルを全削除」については、削除するとデータが消えてしまうので、
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必要に応じてバックアップするか、退避とする方が良いかもしれません。
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＜追記２＞
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> docker machineにssh接続をして、./data/db/以下のファイルを削除するということでしょうか?
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はい、そうなります。
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Docker Toolboxを使っている場合、
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『ホストPC -> docker machine -> docker container(docker machine上にある)』
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という構成になっているかと思います。
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接続やフォルダ共有についても上記構成です。
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(docker terminalでのコマンドがdocker machineを透過的に操作できるようになっている）
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ホストPCでのごみファイルを削除しても状況が改善できていないようなので、もしかしたらdocker machine上にゴミがあるかもしれません。
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削除実行前に、`docker-machine ssh [docker-machine名]`でdocker machineにssh接続しフォルダ状況を確認してみてください。
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もしdocker machine削除をしてもかまわないようであれば、
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一度docker machineを削除し新ためて作成すると状況が改善するかもしれません。
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削除手順に対する注記を追加
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正常起動できた場合、以降は「`./data/db/`配下のファイルを全削除」の手順は**行わないでください。**
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せっかく残したデータベースのデータを削除してしまうことになります。
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手順1の「`./data/db/`配下のファイルを全削除」については、削除するとデータが消えてしまうので、
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必要に応じてバックアップするか、退避とする方が良いかもしれません。
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