回答編集履歴
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追記
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@@ -1,6 +1,6 @@
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各文字ごとの個数だけわかれば計算できます。出現位置の情報は無視していいということです。そうすると線形時間で処理できます。
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s1とs2ごとに文字:出現数の表を作って、その間で差分を取り（ただしマイナスになったら0とみなす）合計するのでしょう。
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s1とs2ごとに文字:出現数の表を作って、その間で差分を取り（`table2[char_i] - table1[char_i]`のような形で。ただしマイナスになったら0とみなす）合計するのでしょう。
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Pythonでサンプルを示します。
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追記
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@@ -1,4 +1,4 @@
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各文字ごとの個数だけわかれば計算できます。出現位置の情報は無視していいということです。
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各文字ごとの個数だけわかれば計算できます。出現位置の情報は無視していいということです。そうすると線形時間で処理できます。
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s1とs2ごとに文字:出現数の表を作って、その間で差分を取り（ただしマイナスになったら0とみなす）合計するのでしょう。
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ちょい追記
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@@ -1,4 +1,4 @@
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文字の個数だけわかれば計算できます。出現位置の情報は無視していいということです。
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各文字ごとの個数だけわかれば計算できます。出現位置の情報は無視していいということです。
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s1とs2ごとに文字:出現数の表を作って、その間で差分を取り（ただしマイナスになったら0とみなす）合計するのでしょう。
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修正
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Cで
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Cで実装する場合、出現する文字がASCIIだけなら、128要素の整数型配列を使うことができます。マルチバイト文字ならデータ構造を工夫した方が賢いでしょう。
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追記
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@@ -2,6 +2,8 @@
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s1とs2ごとに文字:出現数の表を作って、その間で差分を取り（ただしマイナスになったら0とみなす）合計するのでしょう。
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Pythonでサンプルを示します。
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```python
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from collections import Counter
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