回答編集履歴
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勘違いしていたので回答内容を修正
test
CHANGED
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@@ -1,3 +1,7 @@
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（補足）いくつか勘違いしていたので回答内容を修正しました。。。
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まずは、indexOf の仕様を再度確認してみてください。
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http://www.ajaxtower.jp/js/string_class/index14.html
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1回目：文字列「あいうえおあいあ」→ indexOf 結果「１
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1回目：検索対象文字列「あいうえおあいあ」→ indexOf 結果「１」
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2回目：文字列「いうえおあいあ」
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2回目：検索対象文字列「いうえおあいあ」 → indexOf 結果「６」
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3回目：文字列「うえおあいあ」
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3回目：検索対象文字列「うえおあいあ」 → indexOf 結果「６」
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4回目：検索対象文字列「えおあいあ」 → indexOf 結果「６」
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5回目：検索対象文字列「おあいあ」 → indexOf 結果「６」
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6回目：検索対象文字列「あいあ」 → indexOf 結果「６」
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7回目：検索対象文字列「いあ」 → indexOf 結果「８」
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8回目：検索対象文字列「あ」 → indexOf 結果「８」
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indexOf を利用して処理を行いたいなら、下記の形になります。
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```Javascript
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var inputString = prompt("文字を入力", "あいうえおあいあ");
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var searchString = prompt("検索したい文字を入力", "あ");
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for(var i = 0; i < inputString.length; i++){
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console.log(inputString.indexOf(searchString,i) + 1);
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i = inputString.indexOf(searchString,i); // 見つかったindexまで開始位置を遷移
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}
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```
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もし、文字列を一文字ずつ解釈したいなら substr 関数で部分文字列を生成してください。
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