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Pythonのリテラルとして解釈できるのであれば、ast.literal_evalで。
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Pythonのリテラルとして解釈できるのであれば、[ast.literal_eval](https://docs.python.org/ja/3/library/ast.html#ast.literal_eval)で。
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JSON形式に合えば[json.loads](https://docs.python.org/ja/3/library/json.html#json.loads)が使えます。こちらの方が多機能です。
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import json
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# src = '([1,2,3,4],[3,4,5,6,3])'
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src = '[[1,2,3,4],[3,4,5,6,3]]'
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dst = json.loads(src)
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print(dst)
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形式に依ってはjson.loadの方が適切な場合もあります。
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なおevalという関数もありますが、これは安易に使うべきではありません。
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