回答編集履歴
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answer
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@@ -13,13 +13,14 @@
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`which ruby` とすると、 /ユーザー名/.rbenv/shims/ruby が出て（/Users/ユーザー名/.rbenv/shims/ruby の間違いだと思いますが）
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`which bundle` とすると、/usr/local/bin/bundle が出ることから、
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`which bundle` とすると、/usr/local/bin/bundle が出ることから、以下の可能性があります。
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1. パスの設定の順番で、rbenv環境が/usr/local/binより優先されていて、rubyコマンドはrbenv環境を見ているが、どういう理由でかrbenv環境からbundleが消えた、またはそもそも作っていない
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1. パスの設定の順番で、/usr/local/binがrbenv環境より優先されていて、bundleコマンドは/usr/local/binを見ているが、どういう理由でか/usr/local/binからrubyが消えた
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1. パスの設定の順番で、rbenv環境が/usr/local/binより優先されていて、/usr/local/binのRubyにbundlerを入れたが、rbenv環境にはbundlerを入れていない（したがって質問の状況は**正常**で**そうなって当然**）
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`echo $PATH`を実行してパスの順番を確認してください。
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想像では
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想像では、rbenv環境→/usr/local/bin→/usr/binの順番になっている可能性の方が高いと思います。
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