回答編集履歴
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エラーはどこで起こっているのでしょうか？
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`.ipynb_checkpoints` は Notebook を実行している場合に Notebook の状態等を保存するために自動で作成されるディレクトリです。
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削除してもそのディレクトリで Notebook を使用している限り、自動で作成され
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削除してもそのディレクトリで Notebook を使用している限り、自動で作成されます。
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例えば、ディレクトリ名を調べて .ipynb_checkpoints だったら無視するなどの処理が考えられます。
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とりあえず、hold_dir などデータセットのディレクトリ以下にある `.ipynb_checkpoints` はすべて削除し、またそれらのディレクトリ内に Notebook (.ipynb) を作らない (すでに作ってしまっている場合は消すか、外に移動させる) ようにすると解決すると思います。
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> 「.ipynb_checkpoints」といったファイルは存在していないため削除することもできず
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Linux や Mac では、`.` から始まるディレクトリは隠しフォルダとしてデフォルトでは非表示となっているので、存在しているが、見えないだけだと思います。
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エラーはどこで起こっているのでしょうか？
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`.ipynb_checkpoints` は Notebook を実行している場合に
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`.ipynb_checkpoints` は Notebook を実行している場合に Notebook の状態等を保存するために自動で作成されるディレクトリです。
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削除してもそのディレクトリで Notebook を使用している限り、自動で作成されるので、`.ipynb_checkpoints` があっても問題ないようにプログラムを作るべきかと思います。
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例えば、ディレクトリ名を調べて .ipynb_checkpoints だったら無視するなどの処理が考えられます。
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