回答編集履歴
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注意点としては、
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- 連結のときにnumpy配列に変換しようとして失敗しているのかもしれません。このあたりもどうやっているのかはわかりませんが、[sklearn.compose.ColumnTransformer](https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.compose.ColumnTransformer.html)などを活用してください（設定次第で結果を疎行列型配列にできます）。
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- `MinMaxScaler`は必ずnumpy配列を返すので、この目的には使えません。実数型変数だけに適用するならありですが
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- `MinMaxScaler`は必ずnumpy配列を返すので、この目的には使えません。実数型変数だけに適用するならありですが。最終的に疎行列型配列に変換されるように（あと途中でダミー変数の部分がnumpy配列にならないように）transformerを組む必要があります。
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追記
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そもそも論としては、そんなにでかいダミー変数にしたところでまともな分析はできないと思うので、やり方を変えた方が良いと思います。
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そもそも論としては、そんなにでかいダミー変数の配列にしたところでまともな分析はできないと思うので、やり方を変えた方が良いと思います。
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