回答編集履歴
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日本語が少しおかしいので修正
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ちょっとだけ補足。
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ZIPにはファイルシステムとは関係なくディレクトリーもファイルも（ディレクトリーエントリーが無いZIPも存在する）一緒くたに格納されます。
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LOCヘッダー(PK0304)とCENヘッダー(PK0102)というものがあり、LOCヘッダーはエントリーごとに、CENヘッダーはZIPファイルの終了位置付近に置かれています。
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LOCヘッダー(PK0304)とCENヘッダー(PK0102)というものがあり、LOCヘッダーはエントリーごとに、CENヘッダーはZIPファイルの終了位置付近に置かれています。
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ZIP展開時は、ファイルの情報はこのヘッダーを読み取って順次処理するはずなので、格納した順序で取り出すのが効率が良いし自然なわけです。
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Javaの実装がどうなっているかはeripongさんが調べてくれたとおりです。
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ヘッダーについて少し補足
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参考リンク：
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ＴＮＫソフトウェア - 私的ZIPファイル研究所
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[http://www.tnksoft.com/reading/zipfile/nonarc.php](http://www.tnksoft.com/reading/zipfile/nonarc.php)
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[http://www.tnksoft.com/reading/zipfile/nonarc.php](http://www.tnksoft.com/reading/zipfile/nonarc.php)
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（追記）
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ちょっとだけ補足。
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ZIPにはファイルシステムとは関係なくディレクトリーもファイルも（ディレクトリーエントリーが無いZIPも存在する）一緒くたに格納されます。
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LOCヘッダー(PK0304)とCENヘッダー(PK0102)というものがあり、LOCヘッダーはエントリーごとに、CENヘッダーはZIPファイルの終了位置付近に置かれています。ファイルの情報はこのヘッダーを読み取って順次処理されるので、格納した順序で取り出すのが効率が良いし自然なわけです。
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Javaの実装がどうなっているかはeripongさんが調べてくれたとおりです。
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