回答編集履歴
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test
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投稿に失敗してました！
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解決済みのようですが一応最初に書いた内容をそのまま載せておきます。
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NodeとEdgeのように双方が多対多の関係にあるものを読み込む・書き込む際にはファクトリーパターン的に考えるとよいと思います。その片鱗は質問者さんのコードに見え隠れしているのですが・・・
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