回答編集履歴
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パット見た感じ、全結合層が多すぎる気がするのですが。。
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画像なら CNN を使ったほうがよいかと思います。
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## 追記
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> predictがニューラルネットの結果を出力しているもの
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その認識であっていますよ。
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整理すると、以下のようになります。
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dropout: 学習時に設定した確率に従い、ランダムにニューロンを脱落させる処理。**推論時は適用されない**。
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* predict(): ニューラルネットワークの予測値: 推論時なので **dropout なし**のネットワーク計算された値。
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* evaluate(): ニューラルネットワークの損失関数の値: 推論時なので **dropout なし**のネットワーク計算された値。
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* fit() 時に表示される val_loss: 推論時なので **dropout なし**のネットワークで計算された値。
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* fit() 時に表示される loss: 学習時の **dropout あり**のネットワークで計算された値。
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> なぜ fit() 時に表示される loss は14%なのに、evaluate() 時の誤差は2.6%なのか
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> なぜ fit() 時に表示される loss は14%で val_loss は2%代なのか
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これらは上記の通り、loss の値は dropout が適用されたネットワークで計算した値で、その他は推論時なので dropout を適用していないネットワークで計算した値だからです。
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> 最終エポック終了時の予測，あわよくば各エポック毎をcsvに出力する方法はありますか？
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[CSVLogger](https://keras.io/ja/callbacks/#csvlogger) を使うと、各エポックごとの結果をファイルに残せます。
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csv_logger = CSVLogger('training.log')
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model.fit(X_train, Y_train, callbacks=[csv_logger])
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パット見た感じ、全結合層が多すぎる気がするのですが。。
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画像なら CNN
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画像なら CNN を使ったほうがよいかと思います。
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