回答編集履歴
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あ
test
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誤って2重投稿してしまったので、削除
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データの並び順が前者は (BatchSize, Height, Width, Channels) ですが、後者は (BatchSize, Channels, Height, Width) になっています。
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Keras ではこの2種類を選択できるようになっています。
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Keras のデフォルト設定が Linux で試したときと異なるのではないでしょうか？
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[こちらの記事](https://qiita.com/namagasi/items/f094913e09ecd1f14ddb) を参考に image_data_format の設定がどうなっているか確認して、変更してみてください。
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