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コメントを受けての追記 4/23
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* [トランザクションおよび自動コミット](http://php.net/manual/ja/pdo.transactions.php)
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* [PHP + PDO + MySQL のトランザクション制御方法まとめ](https://www.websec-room.com/2015/11/17/2356)
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質問の意図を読み違えて、混乱させてしまったかもしれません。
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> 挙動としては、削除が完全に終わってから挿入する事を想定しています。
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> 今現在、これを実行すると正しく動作しているように思えるのですが、レコード量が膨大になるとまた違うものなのでしょうか？
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この点については、SQLは順番に実行されるのでDELETE文実行完了後、INSERT文が実行されることになります。
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ただし、システム開発においてはエラー時の処理も考慮し、SELECT文以外のSQL実行時にはトランザクションを利用することが多いかと思います。そのため、トランザクションの利用を検討されることをおすすめします。
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また、`;`の利用以外でのSQLの複数実行は以下のように実装できます。
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（変数名(sql1,sql2)があまりよろしくないですが、実装イメージとしてご確認ください）
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例として、DELETE文とINSERT文が一塊りとなるよう、トランザクションを使っています。
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// トランザクション開始
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$pdo->beginTransaction();
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try {
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// DELETE実行
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$sql1 = "DELETE FROM datatable WHERE hoge <= 2"
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$stmt = $pdo->query($sql1);
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// INSERT実行
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$sql2 = "INSERT INTO datatable(id,hoge) VALUES(1,3)"
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$stmt = $pdo->query($sql2);
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// DELETE文とINSERT文が正常に実行できた場合は
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// コミット
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$pdo->commit();
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} catch (PDOException $e) {
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// SQL実行時にエラーが発生した場合は
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// ロールバック
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$pdo->rollback();
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// エラー処理を記述(ログ出力とか、throw e;とか)
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}
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