回答編集履歴
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linter-php は設定ファイルを与えるようです：
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[AtomにLinter-phpを導入する - ｢良いパパになりそう」とよく言われるけど相手がいない](http://halfrighter.hatenadiary.jp/entry/2016/10/14/143652)
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あるいは、Settings → Packages → linter-php → Settings → PHP Executable Path
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の欄に、実行したいphp.exeのフルパスを記述。
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Atomに組み込むパッケージによっては、
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環境変数PATHを参照してphp.exeを探すものと、
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パッケージ固有の設定ファイルにてphp.exeへのフルパスを必要とするものがあります。
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うかつに環境変数をいじって壊してしまわないよう、
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[「Redmond Path」GUIでWindowsの環境変数“PATH”を編集できるソフト - 窓の杜ライブラリ](https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/redmondpath/)
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システムのPATHへの変更はWindowsの再起動、
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ユーザーのPATHへの変更はWindowsへの再ログオンが必要です。
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linter-php は設定ファイルを与えるようです：
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[AtomにLinter-phpを導入する - ｢良いパパになりそう」とよく言われるけど相手がいない](http://halfrighter.hatenadiary.jp/entry/2016/10/14/143652)
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